Экспозиция Экоцентра состоит из нескольких модулей.

Верхний уровень занят модулем «Мой дом, мой город». Красочный макет квартиры, в которой каждый предмет быта – экспонат. Познакомиться с элементами экологической культуры, научиться сохранять электроэнергию, воду и ресурсы, а также понять, зачем и почему это следует делать, помогают мультимедийные программы экспонатов.

На нижнем уровне располагается раздел «Мой парк, мой город», рассказывающий как конкретно о парке «Воробьёвы горы», в котором располагается Экоцентр, так и обо всей Москве как мегаполисе со своими экологическими проблемами.

Там же устроился модуль «Планета Земля – наш дом», включающий в себя мультимедийный интерактивный экспонат с использованием технологии multitouch, кинотеатр с возможностью демонстрации 3D фильмов и видеотека.

Также в Экоцентре есть оборудованная лаборатория и педагогическое ателье.